在第二部，故事发生在钢铁天使1的29年后，钢铁天使的主人死后把钢铁天使藏在佛像中...高中女学生那一天去神社的地窖放东西时无意中再次唤醒了沉睡中的钢铁天使久留美，此后钢铁天使久留美的两个姐妹都用不同的方式醒了过来，后来的故事姐妹们又由敌人变成了姐妹......